基因组测序文件:菌株SYSU D00978T 的16S rRNA 基因正反序列文件。 基因组组装文件:使用 Fastp(v0.23.2)对原始读取进行修剪以去除低质量碱基,并使用工具 SPAdes (v3.15)组装产生的高质量序列。
| 采集时间 | 2021/03/25 - 2021/03/25 |
|---|---|
| 采集地点 | 新疆古尔班通古特沙漠(北纬44°56′,东经88°33′,海拔 654 m) |
| 数据量 | 691.6 MiB |
| 数据格式 | gz和fasta文件 |
| 坐标系 | |
| 投影 | 无 |
在2021 年中国西北旱地微生物多样性研究中,从新疆古尔班通古特沙漠(北纬44°56′,东经88°33′,海拔 654 m)采集的沙质块状土壤中分离出来菌株SYSU D00978T。
将大约 5 g 原始土壤悬浮在 45 mL 无菌 0.85% 生理盐水中,并在 28 °C 和 180 rpm 下摇动 60 分钟。制备连续 10 倍稀释液,并将 100 μL 等分试样涂布到淀粉酪蛋白琼脂上(SCA:可溶性淀粉 10.0 g/L,酪蛋白 0.3 g/L,KNO3 2.0 g/L,NaCl 2.0 g/L,K2HPO4 2.0 g/L,MgSO4·7H2O 0.05 g/L,CaCO3 0.02 g/L,FeSO4·7H2O 0.01 g/L,琼脂 18.0 g/L,pH 7.2),含有选择性试剂(制霉菌素 50 mg/L、萘啶酸 25 mg/L、放线菌酮 25 mg/L 和重铬酸钾 25 mg/L)抑制真菌和快速生长的细菌。培养基补充了基于国际链霉菌项目 (ISP)的微量盐和维生素,包括额外的钴胺素(0.5 mg/L)和叶酸(0.5 mg/L)。 将板在 30 ℃下孵育5天,然后通过在改良的 ISP 4 琼脂(可溶性淀粉 10.0 g/L,酵母提取物 4 g/L,(NH4)2SO4 2.0 g/L,CaCO3 2.0 g/L,K2HPO4 1.0 g/L,MgSO4·7H2O 1.0 g/L,NaCl 1.0 g/L,琼脂 18.0 g,pH 7.2)上重复划线来选择和纯化黄色菌落(SYSU D00978T)。纯化的菌株在-80 °C 下保存为甘油原液 (25 %,v/v),在 4 °C 下保存为冻干奶管 (10 %,m/v)。 使用 E.Z.N.A.® 细菌 DNA 试剂盒从纯化培养生物质中提取菌株 SYSU D00978T 的基因组 DNA,使用16S rRNA基因进行扩增和测序,使用ContEst16S 算法从草图基因组中提取完整的16S rRNA基因序列(1521 bp)。 在北京基因组研究所,使用 Illumina NovaSeq 6000 平台对菌株 SYSU D00978T 进行了全基因组测序,使用 Fastp(v0.23.2)对原始读取进行修剪以去除低质量碱基,并使用工具 SPAdes (v3.15)组装产生的高质量序列。 基因组原始测序数据及高质量基因组数据已上传至NCBI数据库,项目号为PRJNA699703,基因组登录号为JAFIQW000000000.1。
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| # | 标题 | 文件大小 |
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| 1 | 基因组测序文件 | |
| 2 | 基因组组装文件 |
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