采集乌柳枝条及叶片,送测序公司高通量测序获得高质量基因组数据,数据保存在移动硬盘和国家生物信息中心数据库。经腐烂病胁迫转录组数据分析,设计引物克隆获得8个新疆野苹果MYB、1个EIL、1个ERF转录因子基因,经原位瞬时表达基因功能鉴定体系验证,鉴定10个抗病基因。基因构建至植物过表达载体pBI121-GFP中,导入大肠杆菌(TOP10菌株)甘油菌-80℃低温保存。
| 采集时间 | 2022/01/01 - 2022/12/31 |
|---|---|
| 采集地点 | 伊犁地区 |
| 数据量 | 693.2 MiB |
| 数据格式 | 表格 |
| 坐标系 |
自主产生
野外采集植物样本,进行DNA提取,高通量测序拼接,获得基因组序列。设计基因引物,PCR扩增,碱基测序获得,构建至植物过表达载体。
针对乌柳(Salix cheilophila)进行了全基因组染色体水平的从头测定,对其连续性,一致性和完整度进行三个维度的评估。乌柳Salix cheilophila基因组拼装总长度为343.04 Mb, 基因组初步拼装的contig N50长度为12.7 Mb,使用Oxford Nanopore超长片段进行补洞后基因组中19条染色体均达到无缝拼装水平,全基因组序列N50长度达到16.66 Mb,是迄今杨柳科植物中首个实现无缝拼装的基因组。将Illumina平台测序的小片段reads比对到基因组,reads比对率为99.04%,基因组覆盖率为99.71%,说明组装的基因组有很好的一致性。使用国际公认的BUSCO和CEGMA两套保守基因数据集对野苹果基因组的完整度进行评估,共组装出98.7%和95.6%的完整单拷贝基因,说明基因组组装结果较完整。使用Merqury-mash软件模块评估乌柳基因组的质量值(quality value, Qv)为42.76,即对应准确度超过99.99% (Qv = 40)。 综上分析,乌柳基因组在拼装的连续性,一致性,完整性和准确度等方面均达到较高的水准。通过以上评估方法,得出的数据指标均表明:野苹果基因组组装具有较好的连续性和一致性,以及较高的准确度和完整度,数据质量合格。 10个基因序列数据为基因完整CDS区(核苷酸和氨基酸序列),数据量大小为36 kb。
| # | 编号 | 名称 | 类型 |
| 1 | 2021xjkk0500 | 天山野果林生态系统与生物多样性调查 | 国家科技支撑计划项目 |
本作品采用
知识共享署名
4.0 国际许可协议进行许可。
| # | 标题 | 文件大小 |
|---|---|---|
| 1 | 2022年天山野果林关键物种遗传资源数据集信息表.xlsx | 11.7 KiB |
| 2 | 新疆野苹果10个关键基因序列 | |
| 3 | 新疆野苹果基因组 |
中国·新疆乌鲁木齐市北京南路818号, 830011, 电话: 0991-7823121
