新疆阿克苏农田生态系统国家野外科学观测研究站的前身为中国科学院阿克苏水平衡试验站，始建于1982年，2002年成为新疆五大灌溉试验站和中国科学院特殊环境与灾害网络研究站，2005年进入国家生态系统野外观测研究网络，2007年正式加入中国科学院生态网络，隶属于中国科学院新疆生态与地理研究所。